Upp komst um þátt bankans í umfangsmiklu peningaþvætti í Austur-Evrópu árið 2017. Danske Bank hafði um árabil látið hjá líða að fylgja eftir reglum um varnir gegn peningaþvætti og í skjóli þess höfðu um 200 milljarðar evra flætt í gegnum útibú hans í Eistlandi frá viðskiptavinum sem þó voru ekki búsettir í landinu. Ríkisútvarpið fjallar ítarlega um málið á vef sínum og þar segir jafnfram:
Að viðskipamenn með vafasama sögu, m.a. menn með tengsl við stjórnvöld í Rússlandi og Aserbaídsjan, hafi nýtt sér óspart brotalamir bankans til að fá heilbrigðisvottorð fyrir illa fengið fé og þegið þjónustu bankans um að stofna skúffufélög á Vesturlöndum með dulið eignarhald. Þannig hafði bankinn laðað til sín viðskiptavini, sem ekki áttu í önnur hús að venda, og hagnast verulega.
Lögregla í Eistlandi handtók tíu starfsmenn bankans í desember 2018 og forstjórinn, Thomas Borgen, var knúinn til afsagnar. Ári síðar lokuðu eistnesk stjórnvöld útibúi bankans í landinu. Málinu hefur verið lýst sem stærsta peningaþvættismáli Evrópu og hugsanlega því stærsta í heimi. Það teygir anga sína til Bandaríkjanna þangað sem hluta hinna duldu millifærslna var beint.
Eftirlitsstofnanir í Eistlandi, Danmörku og Bandaríkjunum hafa rannsakað málið um nokkurra ára skeið. Á þriðjudag undirgekkst bankinn samkomulag við fjármálaeftirlit ríkjanna þriggja þar sem hann viðurkennir sök og fellst á greiðslu 2,06 milljarða dala sektar, jafnvirði tæplega 300 milljarða íslenskra króna.
Fjárhæðin er í samræmi við væntingar. Tveir mánuðir eru síðan bankinn gaf það út að hann hefði lagt til hliðar um 270 milljarða króna vegna „hugsanlegrar niðurstöðu í Eistlandsmálinu“ eins og það var orðað í tilkynningu að sögn fréttastofu.